一、ChEMBL 數(shù)據(jù)庫中數(shù)據(jù)庫中pChEMBL值的公式
在 ChEMBL 數(shù)據(jù)庫中,pChEMBL 值是一種用于表示化合物活性的常用指標(biāo)。它是將原始活性值轉(zhuǎn)換為負(fù)對數(shù)(以10為底)的方式來表示化合物的活性。
pChEMBL 值的計(jì)算公式如下:
pChEMBL = -log10(activity)
其中,activity 是化合物的原始活性值。通常,活性值是以摩爾濃度、IC50、EC50、Ki 等形式表示的,具體取決于實(shí)驗(yàn)測定方法。在計(jì)算 pChEMBL 值之前,應(yīng)根據(jù)實(shí)驗(yàn)結(jié)果中給出的活性單位進(jìn)行適當(dāng)?shù)霓D(zhuǎn)換和標(biāo)準(zhǔn)化。
通過將活性值轉(zhuǎn)換為 pChEMBL 值,可以更方便地比較和分析不同化合物的活性,并進(jìn)行結(jié)構(gòu)活性關(guān)系(Structure-Activity Relationship,SAR)的研究。pChEMBL 值的使用還有助于對活性值進(jìn)行歸一化,以便更好地進(jìn)行跨實(shí)驗(yàn)和跨項(xiàng)目的比較和集成。
ChEMBL 數(shù)據(jù)庫中的 pChEMBL 值是根據(jù)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行計(jì)算和提供的,并且可能涉及一些特定的數(shù)據(jù)處理和篩選方法。因此,在使用 pChEMBL 值時(shí),應(yīng)了解相關(guān)數(shù)據(jù)的來源和處理方法,并根據(jù)具體需求進(jìn)行適當(dāng)?shù)慕忉尯头治觥?/p>